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实验原理
RIP（RNA Binding Protein Immunoprecipitation, RNA结合蛋白免疫沉淀）是研究体内 RNA 与蛋白结合情况的技术。
结合了抗体的磁珠或树脂（Beads）与样本裂解液孵育，通过”抗原-抗体“之间的免疫作用，诱饵蛋白被吸附在Beads上，与诱饵蛋白结合的RNA，也一起沉淀到Beads上。洗涤去掉未结合的RNA后，再用洗脱液将RNA-蛋白复合物从Beads洗脱下来，便得到RNA免疫沉淀产物。RIP产物既可以用qPCR检测已知RNA，也可以用二代测序检测未知RNA。
当没有合适的诱饵蛋白抗体时，可以通过表达融合了flag标签的诱饵蛋白，利用flag标签做免疫沉淀。即细胞过表达Flag-Bait，经裂解后与anti-Flag珠子孵育，诱饵融合蛋白与Beads结合，与诱饵融合蛋白互作的RNA“共沉淀”到Beads上，再经洗涤、洗脱后做qPCR或NGS测序。
靖瑞百康生物10年科研服务经验，专业提供分子互作实验服务，包括蛋白与蛋白、蛋白与DNA、蛋白与RNA、RNA与RNA的相互作用技术，经验丰富，实验结果稳定、可靠。
我公司自有分子、细胞和质谱实验平台，能执行最优的实验路线，对微量互作蛋白的质谱鉴定有充足把控力，对后续功能分析有独到见解。
我们不仅会提供专业的售前方案建议、而且售后技术支持将一直保持到文章发表，确保您安心进行下游实验及投稿。
目前，客户已在Nature子刊、Oncogene、Cell Research等高水平期刊成功发表大量高分文章（点击查看客户文献）。
内源蛋白的RNA免疫共沉淀流程图
标签融合蛋白的RNA免疫共沉淀流程图
RNA结合蛋白（RNA binding protein，RBP）是一类功能强大而广泛的调节因子，约占细胞编码的所有蛋白的5%~10%。目前除了少数RNA以核酶形式单独发挥功能，大部分RNA
通过与蛋白结合形成RNA-蛋白复合物来发挥作用。一方面，RBP参与RNA合成、可变剪接、修饰、转运、翻译及胞内定位等多个转录后调控过程，调控mRNA稳定性、lncRNA活性、
miRNA沉默复合体形成等生物学过程；另一方面，RNA也会调节这些蛋白质的活性、定位或与其他蛋白质的相互作用，从而影响RBP介导的各种细胞事件。RNA与蛋白质的相互作用
对于维持细胞稳态是非常重要的，干扰这种相互作用将会导致细胞功能失调和相关疾病的发生。
目前研究RNA-蛋白质相互作用的方法分为两大类：一是以感兴趣的RNA为中心，寻找与该RNA结合的蛋白质；二是以感兴趣的蛋白质为中心，寻找与该蛋白质结合的RNA。RIP（RNA
免疫共沉淀）属于后者，利用特异性的抗体捕获样本中的目标蛋白，那么与目标蛋白结合的RNA也一并被捕获，之后通过qPCR或者测序技术来确定这些结合的RNA。
| 服务项目 | 服务内容 | 结果交付 | 实验周期 | 客户提供 | 价格 |
RIP qPCR （验证型） | Western blot检测样本（input）中的诱饵蛋白 | Western blot检测图 | 5-6周 | 实验样本 诱饵蛋白的IP级抗体 实验信息表（样本信息，诱饵蛋白序列） | |
RIP调取诱饵蛋白及其结合的RNA （2组：实验组和对照组） | 诱饵蛋白Western blot检测图 待测RNA的qPCR检测数据 RIP实验报告 | ||||
RIP seq （筛选型） | Western blot检测样本（input）中的诱饵蛋白 | Western blot检测图 | 5-6周 | 实验样本 诱饵蛋白的IP级抗体 实验信息表（样本信息，诱饵蛋白序列） | |
RIP调取诱饵蛋白及其结合的RNA （2组：实验组和对照组） | 诱饵蛋白Western blot检测图 RIP实验报告 | ||||
seq检测和分析 （2组：实验组和input） | seq检测结果 检测和分析报告 | 9周 |
样本类型 | RIP-qPCR 建议送样量 | RIP-seq 建议送样量 |
| 动物细胞 | 3*10e7个细胞/组（约3个10cm皿） | 5*10e7个细胞/组（约5个10cm皿） |
| 动物组织 | 1g/组 | 2g/组 |
| 植物叶片 | 2g/组 | 4g/组 |
| 植物根或果实 | 4g/组 | 8g/组 |
| 菌体 | 50ul菌体沉淀/组 | 100ul菌体沉淀/组 |
▲注意：这里列出的均为每组样本的送样量，如果实验和对照组用的样本一致，此样本量*2。详细送样指南可联系靖瑞百康生物客服或销售索取。
保存及运输：-80℃保存，干冰取样/运输，至少在送样前2天通知我司。
RIP-qPCR：诱饵蛋白western blot检测图
Normalized to Input | GAPDH | B基因-引物1 | B基因-引物2 |
| Input | 1 | 1 | 1 |
| IgG_RIP | 0.00% | 0.00% | 0.00% |
| A蛋白_RIP | 0.00% | 0.90% | 0.78% |
Normalized to IgG | GAPDH | B基因-引物1 | B基因-引物2 |
| IgG_RIP | 1 | 1 | 1 |
| A蛋白_RIP | 3.053 | 241.241 | 314.227 |
RIP-qPCR：待测基因和内参基因检测数据
RIP组相对于IgG组的富集图
Han H. et al: Long noncoding RNA PART1 restrains aggressive gastric cancer through the epigenetic silencing of PDGFB via the PLZF-mediated recruitment of EZH2.
Oncogene. 2020. (IF=9.867)
以往研究显示，一种长链非编码RNA(LncRNA)“PART1”在某些癌症中有抑癌作用，在某些癌症中又有致癌作用。人类胃癌组织的GEO芯片数据显示，lncRNA PART1在胃癌中显著下调，TCGA数据库和GEPIA数据库信息显示低水平的lncRNA PART1更容易导致肿瘤转移和患者生存期缩短；但其临床意义和潜在机制尚未明确。本研究发现的PART1新作用机制是：PART1与AR相互作用，以雄激素非依赖性的模式激活肿瘤抑制因子PLZF，之后PLZF蛋白和EZH2蛋白相互作用，导致PI3K-Akt通路基因PDGFB的启动子发生H3K27me3修饰，从而使促癌基因PDGFB的转录活性受到抑制。
 | 1. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA.Nature Methods,15(3): 213–220. 2018，IF=28.467. |
| 【研究内容】：客户利用RNA pull down、CoIP等技术，发现lincRNA-p21与HNRNPK结合，并和甲基化酶SETDB1、DNMT1形成复合物，作者通过RIP-qPCR进一步证实了细胞中存在该复合物。该复合物甲基化了多能性基因的启动子序列及相应组蛋白，并改变了它们的表达量，从而进一步影响体细胞重编程过程。 使用相关技术：RIP seq、RNA结合蛋白免疫共沉淀rip qpcr、质谱鉴定 |
| 3. Zhang C Y . et al: CircVPRBP inhibits nodal metastasis of cervical cancer by impeding RACK1 O-GlcNAcylation and stability. Oncogene. 2023, IF=8.756. 【研究内容】：淋巴结转移是宫颈癌（CCa）患者最恶性的临床特征之一。本研究利用RNA pull down、RIP和Co-IP等实验发现：circVPRBP与OGT酶竞争结合RACK1蛋白，阻碍RACK1-S122位点的O-GlcNAc修饰来使其降解，从而抑制宫颈癌淋巴结转移和淋巴管生成。 使用相关技术：RIP-qPCR、RNA pull down MS、免疫共沉淀Co-IP、质谱鉴定 |
